Bei der Ausarbeitung des Hochwasserschutzprojektes Sarneraa wurden unter Mitwirkung von Betroffenen aus Wirtschaft, Umweltschutz und Politik die Schutzziele festgelegt. Hauptziel ist, dass Ereignisse wie jene von 1999 und 2005 keine Schäden mehr anrichten sollen. Daraus haben sich folgende Ziele ergeben:

• Geschlossene Siedlungen sind bis zu einem HQ100, einem Hochwasser das wahrscheinlich nur einmal in 100 Jahren zu erwarten ist, vollständig zu schützen. Bei grösseren Hochwassern soll ein teilweiser Schutz durch gezieltes Ableiten erfolgen.
• Industrieanlagen und Wasserversorgung sind bis HQ100 vollständig zu schützen.
• Infrastrukturbauten wie Bahn, National- und Kantonsstrasse sind bis HQ100 vollständig zu schützen. Es soll immer eine gesicherte Zufahrt ins Tal geben.
• Einzelhäuser und Stallungen werden in das Konzept HQ30 einbezogen. Im Vordergrund stehen gezielte Objektschutzmassnahmen.
• Landwirtschaftliche Flächen werden nicht gezielt geschützt. Sie sollen im Hochwasserfall als Rückhalte- und Überflutungsräume dienen können.